Фамилия Нитишинский — редкий пример, где основа прозрачна, а суффикс сбивает с толку. Сразу видно, что перед нами типичная «географическая» модель на -ский, которая в русской традиции чаще всего указывает на происхождение от топонима: села, деревни, поместья. Но вот основа Нитишин- не даёт покоя: что это — искажённое имя, прозвище или местное название?

Самый вероятный путь — от названия населённого пункта вроде Нитишино, Нитишин или Нитишичи. Такие топонимы могли возникнуть от прозвища или имени первопоселенца. Корень «Нитиш» — тёмный, но в нём слышится что-то из диалектной лексики. В северных и сибирских говорах «нитиш» могло означать нечто хрупкое, тонкое, нитевидное, либо быть искажением тюркского слова (сравните с «нитяш» — слабый, худой). Вторая, более прозаичная версия: основа восходит к личному имени Никита через народную форму «Нитиша» (с чередованием к/т и упрощением). Тогда Нитишинский — это вариант фамилии Никитинский, но с диалектным произношением, закрепившимся в документах.

Суффикс -ский указывает на дворянское или шляхетское происхождение в прошлом: такую фамилию мог получить владелец деревни Нитишино или его потомки. Однако в XIX веке фамилии на -ский массово давали и семинаристам при поступлении в духовные училища — по названию села или по приходу. То есть Нитишинский мог быть как помещиком, так и сыном священника из села с похожим названием.

Спорный момент — польский след. В польской ономастике фамилии на -ski образуются от названий усадеб, и основа Nitisz или Нитиш встречается в исторических документах Речи Посполитой. Если предки Нитишинских были шляхтичами, фамилия могла прийти в Россию после разделов Польши. Но для точного вывода нужны архивные записи — без них остаётся лишь предположение.

Коротко: фамилия образована от географического названия, корень которого, скорее всего, восходит к личному имени Никита в народной форме. Носитель фамилии — потомок либо владельца деревни, либо священника, либо переселенца из западнорусских земель.