Фамилия Нитишева — женская форма, мужская — Нитишев. В разговоре о происхождении обычно опираются на мужской вариант, поскольку именно он чаще всего становился основой для родового имени. Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?» — Нитишев), то есть «сын Нитиша» или «человек из семьи Нитиша». Основа — прозвище или некалендарное имя Нитиш.

Что могло значить это имя? Самый прямой путь — к глаголу «нитить» в диалектах. В некоторых говорах (например, в севернорусских и сибирских) «нитить» означало «надоедать, докучать, приставать с просьбами». Отсюда «нитила» — надоедливый человек. Форма Нитиш могла возникнуть как уменьшительное или пренебрежительное прозвище: «тот, кто нитит». Впрочем, возможна и другая версия: в основе лежит слово «нить» — тогда Нитишем могли назвать ткача, прядильщика или человека, торгующего нитками. Это менее вероятно, потому что для ремесленных прозвищ чаще использовали суффиксы -ник или -арь (Нитник, Нитяник), а -иш — типичный фамильярный суффикс для личных имён и прозвищ, выражающий скорее отношение, чем профессию.

Суффикс -иш в прозвищах — редкий гость в русской антропонимии. Он чаще встречается в украинской и белорусской традиции (например, Гриниш, Иваниш), но в русских фамилиях почти не фиксируется. Это может указывать на западнорусское или южнорусское происхождение рода Нитишевых — из регионов, где смешивались диалектные и языковые черты. Встречаемость фамилии сегодня крайне низкая: она не входит даже в сотни самых редких списков, что говорит о локальном бытовании, возможно, в одной-двух деревнях или городках.

Споров вокруг корня немного. Единственная альтернатива — связь с тюркским «нитиш» (спор, ссора), но для русской фамилии это натяжка: тюркские заимствования в прозвищах обычно касаются бытовых предметов или животных, а не абстрактных понятий. Так что версия с диалектным глаголом «нитить» остаётся основной. Предок Нитишевых, скорее всего, получил прозвище за характер — за навязчивость или говорливость, и оно закрепилось за его потомками.