Фамилия Ниточка — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а бытовой предмет, причём в уменьшительной форме. Если большинство «вещевых» фамилий (Сапогов, Свечкин, Колесов) образованы от полных названий, то здесь мы видим ласкательный суффикс -к-, что сразу наводит на мысль о прозвище. Скорее всего, Ниточкой в старину называли худого, тонкого человека — «сухой, как нитка», или же того, кто был особенно ловок, умел «проскользнуть ниткой в игольное ушко». В русских говорах слово «нитка» имело и переносное значение: так могли сказать о веренице людей или предметов, идущих друг за другом, — возможно, прозвище закрепилось за тем, кто всегда ходил в хвосте или, наоборот, возглавлял цепочку.

Словообразовательная модель необычна ещё и тем, что суффикс -к- в русских фамилиях чаще встречается в формах на -ко (Никитенко, Шевченко) или в украинско-белорусских вариантах. Фамилия Ниточка с окончанием -а — явление северорусское или, реже, западное. Она могла возникнуть в среде, где прозвища в уменьшительной форме не переоформлялись в стандартные -ов/-ин, а сохранялись в исходном виде. По сути, это фамилия-прозвище, которая так и осталась в именительном падеже, что характерно для древнейшего пласта русских фамилий, особенно среди крестьянства, — например, Мороз, Шуба, и вот Ниточка.

В ономастической литературе фамилия Ниточка не упоминается в крупных сводах (Унбегаун, Никонов), что говорит о её редкости. Она могла быть образована и от имени Никита через народную форму Ниточка — в некоторых диалектах «Никита» сокращали до «Нитка», а затем добавляли ласкательный суффикс. Это вторая, менее вероятная, но возможная версия: имя Никита в просторечии звучало как Микита, а форма Нитка — уже следующий шаг упрощения. Если так, то фамилия Ниточка — это не «ниточка-верёвочка», а «маленький Никита».

Географически фамилия тяготеет к северо-западу России: единичные носители встречаются в старых псковских и новгородских писцовых книгах, но не как фамилия, а как прозвище. В современной России она крайне редка и не имеет известных дворянских или купеческих ветвей — скорее всего, это крестьянская фамилия, закрепившаяся в одной-двух деревнях. Её уникальность в том, что она сохранила живую разговорную форму, не переработанную канцелярией XIX века, когда большинство прозвищ «обрубали» суффиксами -ов/-ев. Ниточка — это застывшее обращение, которое когда-то было обычной кличкой соседа.