Фамилия Ниточкина — женская форма фамилии Ниточкин, и её разговорная основа нередко сбивает с толку: кажется, что предок имел отношение к ниткам, шитью или торговле галантереей. Но здесь скрыт неожиданный поворот. В русской ономастике фамилии на -очкин, -ечкин (Ниточкин, Клубочкин, Иголкин) часто образованы не от названия предмета, а от уменьшительно-ласкательной формы личного имени. В данном случае наиболее вероятная версия — Ниточка как производное от имени Никита. В народной речи Никиту могли называть Ниточкой (через цепочку Никита → Никитка → Нитка → Ниточка), и такая форма зафиксирована в бытовой антропонимии XIX века. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Ниточкин, то есть потомок Ниточки.

Менее распространённая версия — прозвище по ремеслу или внешности. Прозвище Нитка или Ниточка могли дать худощавому, тонкому человеку (сравните современное «нитка» в значении «худой»). В этом случае фамилия фиксирует не профессию, а внешнюю черту, что типично для русских прозвищных фамилий. Однако в пользу имени говорит то, что модель «усечённое имя + -очка» (Саша — Сашка — Сашечка, Паша — Пашка — Пашечка) была очень продуктивна, и Ниточка органично вписывается в этот ряд.

Географически фамилия встречается в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Костромской губерниях, где были распространены формы имени Никита с «акающим» произношением (Никита — Никитка — Нитка). Встречаются и варианты написания через «е» — Неточкина, что тоже может быть следствием диалектного произношения или путаницы с именем Анна (Анна — Анетка — Неточка).

Таким образом, Ниточкина — фамилия с двойным дном: снаружи ремесленная, внутри — патронимическая. Если ваши предки были из крестьянской среды, скорее всего, фамилия пошла от имени, а не от профессии. В списках однодворцев и мещан XIX века Ниточкины нередко записаны как крестьяне, и это подтверждает бытовое происхождение фамилии, а не цеховое.