Фамилия Ницун — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает со звучанием, а корень уходит в польское или украинское диалектное слово. В отличие от типичных русских фамилий на -ов, -ев или -ин, здесь нет привычного суффикса принадлежности. Окончание -ун (сравните: бегун, крикун) указывает на прозвище по действию или характерному признаку. Основа «ниц» — это искажённое польское «nica» (из «nica» — «ничто» или, в диалектах, «негодный, плохой»). Таким образом, Ницун — тот, кого прозвали «никудышным» или «ничтожным», причём не в обиходном смысле, а как ироничное прозвище за бесхозяйственность или неудачливость.

Вероятнее всего, фамилия сформировалась на западнорусских землях, где польское влияние было сильным: в Беларуси, на Волыни или в Подляшье. Модель образования (основа + -ун) характерна для украинских и белорусских прозвищных фамилий. Встречаются варианты написания «Ницунь» (с мягким знаком на конце) — это могло возникнуть из-за того, что в некоторых говорах конечное «н» произносили мягко, а при записи в церковных книгах ставили «ь».

Есть и вторая, менее вероятная версия: фамилия могла произойти от немецкого «Nitz» (сокращение от имени Нитхард, Никлаус) с добавлением славянского суффикса -ун. Но тогда форма была бы скорее «Ницун» с ударением на первый слог, что нехарактерно для славянских фамилий. Поскольку в русском языке ударение в фамилиях на -ун обычно падает на последний слог (как в «НицУн»), версия с польско-украинским корнем выглядит убедительнее.

Географически фамилия привязана к небольшим ареалам: единичные носители встречаются в Брестской и Гродненской областях Беларуси, а также среди потомков переселенцев в Сибири. В дореволюционных источниках фамилия не фиксировалась в дворянских родословных — скорее всего, предки были крестьянами или мещанами, получившими прозвище от односельчан. Сейчас Ницун — одна из тех фамилий, чьи носители могут без труда найти друг друга: по данным открытых телефонных справочников, в России и Беларуси их не больше нескольких десятков семей.