Фамилия Ноцун — редкая и неочевидная с точки зрения русского словообразования. В ней нет привычных фамильных суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу указывает: перед нами не исконно русская фамилия, а заимствованная или адаптированная форма, скорее всего, тюркского или кавказского происхождения.

Скорее всего, основа фамилии восходит к тюркскому слову «ноцун» или близкому к нему «ноцун/ноцон». В ряде тюркских языков (например, в карачаево-балкарском, кумыкском, ногайском) корень «ноц» может означать «скот», «домашнее животное» или относиться к пастушескому быту. Суффикс -ун типичен для тюркских прилагательных и существительных, образованных от глагольных основ. Таким образом, «Ноцун» могло быть прозвищем — «скотовод», «пастух» или «владелец скота». Вторая версия, менее вероятная, но возможная: фамилия восходит к этнониму — названию одного из тюркских или монгольских родов (например, у ногайцев или калмыков встречаются родовые имена с похожим звучанием).

Географически фамилия Ноцун, по данным открытых источников, встречается в основном на Северном Кавказе — в Кабардино-Балкарии, Карачаево-Черкесии, Ставропольском крае, а также среди народов Дагестана. Это подтверждает тюркскую или кавказскую версию происхождения. В центральной России фамилия практически не фиксируется, что делает её регионально маркированной.

В русской среде фамилия могла закрепиться через метрические записи или при переписи, когда носитель прозвища Ноцун (или его потомки) получал фамилию по отцу без добавления суффикса — такое случалось с инородческими фамилиями, особенно в XIX веке. Если бы фамилия была русифицирована, она звучала бы как Ноцунов или Ноцунин, но форма без окончания сохранила исходное звучание.

Таким образом, предки человека с фамилией Ноцун, скорее всего, были тюркоязычными скотоводами или принадлежали к одному из народов Северного Кавказа, где прозвище, связанное с хозяйством или родом, стало родовым именем.