Фамилия Нацун — редкая, но её устройство поддаётся разбору без натяжек. В ней нет ни типичного русского суффикса -ов/-ев, ни -ин, ни украинского -енко, ни польского -ский. Окончание -ун указывает на южнославянские или, реже, румынские корни. В болгарском и сербском языках суффикс -ун образует названия лиц по характерному действию или свойству: бръсна (брею) → бръснар (цирюльник), но и игра → игрун (тот, кто любит играть). Так и основа Нац- могла быть прозвищем от глагола нацати или нацнути — в некоторых говорах южных славян это означало «начинать», «затевать», «резать с краю». Человек по прозвищу Нацун — возможно, зачинатель, первый в деле, или же тот, кто постоянно что-то начинал и бросал.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: связь с румынским словом naț (утка-нырок, поганка). В Молдове и на Буковине прозвища от названий птиц давали охотникам или людям с характерной походкой. Однако суффикс -ун в румынском не так продуктивен для фамилий, как в славянских языках, поэтому версия с глагольной основой выглядит убедительнее.

Географически фамилия встречается в России, но очагово — в Краснодарском крае и Ростовской области. Это косвенно подтверждает южнославянский след: в XIX веке болгарские и сербские переселенцы оседали на Кубани, и их фамилии нередко русифицировались только на письме, без добавления русских суффиксов. Так Нацун мог остаться в исходной форме, как, например, болгарские фамилии Пеев, Стоянов, но с сохранением редкого окончания.

С точки зрения словообразования фамилия интересна тем, что обошлась без патронимического суффикса. Это «прозвищная» фамилия в чистом виде: её дали не по отцу, а по личной характеристике первого носителя. В русской ономастике такие случаи единичны, и Нацун — один из них. Если ваш предок носил эту фамилию, скорее всего, он был переселенцем с Балкан или потомком человека, которого в селе звали Нацун за склонность «начинать первым».