Фамилия Нацан — редкая, и её происхождение неочевидно. В русской ономастике она стоит особняком: в ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский, которые обычно указывают на принадлежность («чей?»). Отсутствие такого суффикса — главная подсказка. Скорее всего, фамилия застыла в форме чистого прозвища или имени, без дополнительного оформления. Это характерно для фамилий, которые возникли поздно или были принесены в русскую среду из другого языка.

Самая вероятная версия связывает Нацан с тюркскими языками. В них основа «нац-» или «нач-» может восходить к слову со значением «порода», «род», «племя» (ср. татарское «насыл» или казахское «нас»). Суффикс -ан в тюркских языках часто образует имена или прозвища, указывая на принадлежность к чему-то или на качество. Таким образом, Нацан могло означать «потомок», «родовитый» или «относящийся к определённому роду». В дворянской или старшинской среде такое прозвище могло закрепиться за человеком, который гордился своим происхождением или был главой рода.

Есть и другая, менее распространённая гипотеза — связь с кавказскими языками. В некоторых из них корень «нац» означает «козёл» или «дикий баран». В этом случае прозвище Нацан могли дать охотнику, пастуху или человеку с упрямым, своенравным характером. Однако тюркская версия выглядит более убедительной, поскольку она хорошо объясняет и форму слова, и его возможное социальное значение.

Географически фамилия Нацан встречается в России крайне редко, с некоторым тяготением к регионам Поволжья и Южного Урала — историческим зонам контакта славянского и тюркского населения. Это косвенно подтверждает тюркскую версию происхождения. Встречаемость фамилии настолько мала, что её носители, скорее всего, связаны общим предком, который первым получил это прозвище.

Поскольку фамилия не имеет стандартного русского суффикса, она не склоняется по падежам как типичная русская фамилия: «я встретил Нацана», «письмо от Нацана» — это ошибка. Правильно: «я встретил Нацан», «письмо от Нацан». Эта особенность — лишнее подтверждение её иноязычного, скорее всего тюркского, корня.