Фамилия Ницына — редкий случай, когда окончание -а не указывает на женский род. В русской традиции фамилии на -ин, -ов и их производные склоняются по падежам, и в именительном падеже мужского варианта мы бы ждали Ницын. Однако закрепилась форма Ницына, и она может быть как исходной (для мужчины и женщины одинаково), так и исключительно женской, если мужской вариант Ницын всё же существует, но не фиксируется в документах носителей. Такая неоднозначность — первая зацепка для этимолога.

Корень фамилии — ниц- — восходит к древнерусскому слову «ницъ», что значит «склонённый вниз, лицом к земле». Отсюда пошло выражение «пасть ниц», то есть упасть на колени и коснуться лбом земли. В прозвищах Ница, Ниц или Ницый такое слово могло закрепиться за человеком с тихой, покладистой натурой, который постоянно ходил с опущенной головой — то ли от скромности, то ли от привычки. С другой стороны, в диалектах «ница» иногда называли низкорослого, приземистого человека. Обе трактовки сходятся на внешней или поведенческой особенности предка.

Суффикс -ин в фамилии Ницына (если считать основу Ниц-) типичен для северных и центральных областей России: он образовывал «чьи» фамилии, отвечая на вопрос «чей?» — сын Ницы. То есть первый носитель был потомком человека по прозвищу Ница. Вариант Ницын встречается в документах XVII–XVIII веков, особенно в писцовых книгах Новгородской и Вологодской губерний, где фамилии на -ин вообще преобладают. Современная форма Ницына, возможно, возникла из-за того, что в бытовой речи окончание -а стало восприниматься как более «женское», и её оставили без изменения для всех членов семьи.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с гидронимом Ница (река в Свердловской области) или с названием населённого пункта вроде Ницыно. Тогда фамилия могла образоваться от топонима, но суффикс -ин указывает скорее на прозвищное происхождение, чем на географическое.

В любом случае, фамилия Ницына — не частотная, её носители разбросаны по Центральной России и Уралу. Встретить её можно в старых метрических книгах Костромской и Ярославской губерний. Сословная принадлежность предков, скорее всего, крестьянская или посадская: дворянские роды с таким окончанием почти не фиксируются.