Фамилия Нитун — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу указывает: перед нами не стандартная крестьянская или дворянская фамилия, образованная от имени или прозвища по отчеству. Скорее всего, она пришла в русский язык извне — либо как заимствование, либо как результат адаптации иноязычной фамилии.

Основная версия — еврейское происхождение. Фамилия Нитун (и её варианты Нитун, Нитум) встречается у ашкеназских евреев и может восходить к библейскому имени Нетан (Netan) или к сокращённой форме от Нетанель. В таком случае корень связан с древнееврейским «натан» — «дал», «дарованный». Суффикс -ун в еврейских фамилиях Восточной Европы нередко выполнял роль уменьшительного или патронимического окончания, как в фамилиях Беркун, Лейбун. То есть Нитун могло означать «маленький Нетан» или «потомок Нетана».

Вторая версия, менее вероятная, — тюркские корни. В тюркских языках есть слово «нитун» или близкие по звучанию лексемы, связанные с понятиями «прятать», «утаивать» (сравните с татарским «нитергә»). В таком случае фамилия могла быть прозвищем скрытного или осторожного человека. Однако тюркских фамилий с таким окончанием в русской среде почти нет, и эта гипотеза остаётся спекулятивной.

География фамилии Нитун в России говорит в пользу первой версии. Основные носители сосредоточены в западных регионах: Брянская, Смоленская области, а также в Москве и Санкт-Петербурге. Это совпадает с зонами компактного проживания еврейского населения в черте оседлости. В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается у мещан и купцов, реже — у ремесленников. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

С точки зрения словообразования, Нитун стоит особняком: в русском языке нет продуктивной модели на -ун, которая давала бы фамилии от нарицательных слов (кроме редких исключений вроде Болтун, но они остались прозвищами, а не фамилиями). Это дополнительный аргумент в пользу заимствования. Если ваш предок носил фамилию Нитун, наиболее вероятно, что он был выходцем из еврейской среды, а сама фамилия — памятью об имени, данном при рождении.