Фамилия Ништун стоит особняком в русском ономастиконе — у нее нет ни привычного славянского суффикса (-ов, -ин, -ский), ни прозрачной этимологии из русского или украинского языков. Это почти наверняка фамилия искусственного или семинарского происхождения. В Российской империи, особенно в XVIII–XIX веках, выпускники духовных семинарий нередко получали фамилии, образованные от латинских или греческих слов, а также от целых фраз, часто с назидательным смыслом. «Ништун» может быть русифицированной формой латинского nihil — «ничто», или же отсылкой к немецкому nichts (то же значение). В таком случае фамилия переводится как «Ничего» или «Никто» — возможно, её дали как намёк на смирение, ничтожность человека перед Богом, или как шутливую характеристику бедного, «пустого» студента.

Другая, менее вероятная версия — что фамилия происходит от идишского или немецкого прозвища, связанного с отрицанием, но для еврейских фамилий такая модель не характерна: обычно они образовывались от профессий или топонимов, а не от абстрактных понятий. Кроме того, окончание «-ун» в русских фамилиях встречается редко, но известно в украинской и белорусской традиции (например, фамилии на -ун: Ткачун, Крикун). Если бы основа была славянской, она звучала бы как «Ништунов» или «Ништунский». Отсутствие суффикса — ещё один аргумент в пользу семинарского, «книжного» происхождения: такие фамилии часто оставляли без изменений, чтобы подчеркнуть их иноязычный корень.

Географически фамилия Ништун редкая, встречается в основном в центральной России и на Украине, но без выраженного ареала. В дореволюционных метрических книгах можно найти носителей среди духовенства или мещан, реже — среди крестьян. Сословная принадлежность предков, скорее всего, связана с церковной средой: дети священников и дьячков, получившие латинизированные фамилии при поступлении в семинарию. Искать однокоренные фамилии бессмысленно — Ништун стоит особняком, и его значение лежит не в бытовом прозвище, а в школьной или семинарской традиции давать фамилии-символы.