Фамилия Нишкун — редкий случай, когда основа не даёт однозначного ответа, но сама конструкция фамилии указывает на конкретный регион и этническую среду. Суффикс -ун в русских фамилиях встречается нечасто, но он типичен для украинской и белорусской модели словообразования: от глагольной основы он образует название деятеля (бегун, крикун). В фамилиях этот суффикс закрепился за прозвищами, описывающими поведение или характер человека.

Самая прямая версия связывает Нишкун с украинским или белорусским диалектным глаголом «ни́шкати» — то есть «нюхать», «вынюхивать», «искать». В таком случае прозвище Нишкун мог получить либо любопытный человек, который всюду совал нос, либо, наоборот, ищейка, сыщик — тот, кто «вынюхивает» пропажу или след. Гласная «и» в корне вместо ожидаемой «ы» (сравните: «нырять» — нырок) — результат южнорусского или украинского произношения, где «ы» смягчается или переходит в «и».

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: основа от тюркского «ниш» (знак, мета, цель). В таком случае Нишкун — это «меткий стрелок» или «тот, кто ставит метки». Однако тюркские заимствования обычно приходят с суффиксами -ов/-ев, а не с -ун, поэтому эта гипотеза слабее. Кроме того, фамилия не встречается в массовых списках татарских или башкирских родов, что подтверждает её славянскую природу.

Географически фамилия Нишкун тяготеет к западным областям Украины и югу Беларуси — зоне, где глагол «нишкати» бытовал в живой речи. В российских переписях она единична, что говорит о локальном, а не общерусском происхождении. Сословно носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами: фамилии на -ун в этой среде давались по бытовым прозвищам, а не по профессиям или отчествам.

Таким образом, Нишкун — прозвищная фамилия, образованная по украинско-белорусской модели от глагола со значением «нюхать, выискивать». Предок мог быть дотошным, внимательным человеком или иметь какое-то отношение к поиску — от выслеживания дичи до розыска пропаж.