Фамилия Нишкунова хранит память о прозвище дальнего предка — Нишкун. Это именование, скорее всего, возникло на южнорусских или украинских землях, где был распространен глагол «нишкати» — разузнавать, разыскивать, выслеживать. Прозвище Нишкун могли дать человеку любопытному, хитрому и ловкому, умевшему добыть нужные сведения. Впрочем, есть и вторая версия, не менее интересная: в основе прозвища могло лежать русское слово «нишкнуть» — то есть замолчать, притихнуть, не проронить ни слова. Тогда Нишкуном называли человека неразговорчивого, скрытного, молчаливого.

Обе трактовки правдоподобны, но первая выглядит убедительнее. Глагол «нишкати» с его оттенком активного поиска и сноровки лучше объясняет появление прозвищной формы с суффиксом -ун, которая в русских и украинских говорах часто указывала на деятеля: бегун, говорун, молчун. Нишкун в этом ряду — тот, кто «нишкает», то есть действует тихо, но целенаправленно. Вторая гипотеза, от «нишкнуть», тоже имеет право на жизнь, но она рисует скорее пассивный образ, а такие прозвища обычно закреплялись за людьми с яркой, заметной чертой поведения.

Прозвище Нишкун со временем закрепилось как основное именование человека, а его потомки получили фамилию Нишкуновы. Форма Нишкунова — женский вариант, который в документах и бытовом общении закрепился за женщинами рода. Сама фамилия образована по простой и очень распространенной модели: прозвище плюс суффикс -ов, указывающий на принадлежность. Такой способ называли «патронимическим»: он отвечал на вопрос «чей ты будешь?» и означал буквально «сын Нишкуна».

Фамилия эта редкая, и в современных справочниках по ономастике она подробно не разобрана, но ее структура прозрачна и не вызывает споров. В ней нет ни дворянских притязаний, ни географической привязки к конкретному уезду — перед нами типичное крестьянское или мещанское прозвищное именование, каких в XIX веке было множество по всей России. Ценность таких фамилий в том, что они сохранили живую речь предков: слово «нишкати» сегодня почти забыто, но в фамилии Нишкунова оно продолжает звучать, напоминая о человеке, который умел слушать, молчать и выведывать то, что другим было невдомек.