Фамилия Нишкунов происходит от прозвища Нишкун, и в её основе лежат две противоположные, но одинаково живые версии. Первая отсылает к украинскому глаголу «нишкати» — «разузнавать, разыскивать». Тогда прозвище метко описывало человека любопытного, хитрого и ловкого, который умел добыть нужные сведения. Вторая версия ведёт к русскому слову «нишкнуть» — «не молвить ни словечка, молчать». В этом случае предок, наоборот, слыл неразговорчивым и скрытным.

Сам суффикс -ун в прозвище Нишкун — типичный для русской и украинской народной традиции. Он выделяет носителя по яркому действию или качеству: так же устроены слова «болтун», «молчун», «хитрун». Нишкун, стало быть, человек, чья суть выражена глаголом — либо тот, кто выведывает, либо тот, кто затаился и молчит.

Фамилия построена по стандартной модели притяжательных фамилий: основа Нишкун + суффикс -ов. Такая модель в XVI–XVII веках закрепляла за потомками именование по отцу или деду, отвечая на вопрос «чей будешь?» — Нишкунов, то есть сын, внук или потомок Нишкуна. Это типичный путь, которым прозвище становилось наследственным родовым именем.

Какая из версий правдоподобнее, сказать трудно. География фамилии подсказывает: она встречается в регионах, где русский и украинский языки веками соседствовали и влияли друг на друга. Поэтому обе трактовки имеют право на жизнь, и без точных записей о первом носителе выбрать одну сложно. Возможно, прозвище вообще было двусмысленным — ироничным: так могли назвать и того, кто постоянно всё выспрашивает, и того, кто вечно отмалчивается.

В любом случае, фамилия Нишкунов сохранила в себе живое слово, которое сегодня почти вышло из обихода. Она — маленький портрет предка, каким его видели окружающие: либо дотошного и пронырливого, либо тихого и себе на уме.