Фамилия Нишкур — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет ни типичного русского суффикса -ов/-ев, ни -ин, ни -ский, что сразу указывает на её позднее, скорее всего, искусственное или иноязычное происхождение. На слух она воспринимается как сложная или составная, и это первая зацепка.

Самый вероятный путь — фамилия образована от прозвища или географического названия в среде, где смешивались языки и культуры. Разберём возможные корни. Первая часть «ниш-» может восходить к тюркскому «ниш» (остриё, кончик, а также в переносном смысле — «метка», «цель») или к персидскому «ниш» (жало, шип). Вторая часть «-кур» в тюркских языках означает «серый», «седой», а также может быть частью сложных имён, означающих «устанавливающий», «ставящий» (от глагола «кур» — строить, воздвигать). Таким образом, Нишкур может означать «острая цель» или, если разбить иначе, быть искажённым вариантом тюркского имени Нишан-Кур или Нияз-Кур, где «Нияз» — просьба, мольба. В таком случае фамилия фиксирует сложное личное имя с религиозным или пожелательным смыслом.

Есть и другая, более прозаичная версия. Фамилия могла возникнуть как адаптация западного или прибалтийского написания. Например, в польском или белорусском варианте «Niszkur» могло быть фонетической записью фамилии Нишкуров или Нишкура, где суффикс отпал при русификации. Либо это результат канцелярской ошибки: редкую фамилию Нищур (от диалектного «нищий» или «нищеброд») могли записать через «к» из-за неразборчивого почерка или местного говора.

Географически фамилия Нишкур встречается точечно, без явного скопления в одном регионе. Это говорит о том, что родоначальник, скорее всего, был не крестьянином (у крестьян фамилии закреплялись по селу, массово), а либо переселенцем, либо человеком, получившим фамилию при смене сословия или при записи в рекруты. В любом случае, перед нами не типичная русская фамилия, а результат сложного межъязыкового контакта — тюркского, иранского или смешанного, зафиксированный в документах уже в русской среде.