Фамилия Нышкур — редкая и необычная по звучанию. Скорее всего, её основа не славянская, а тюркская или финно-угорская. Первое, что бросается в глаза: в ней нет типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский). Это значит, что фамилия могла закрепиться в документах в «голом» виде, без дополнительного оформления, что характерно для поздних записей или для фамилий, возникших в среде, где русский язык не был родным для носителей.

Разбор корня приводит к двум основным версиям. Первая: «ныш» может восходить к тюркскому «ныш» или «ныс» — «клык», «бивень», «острый выступ». В этом случае «Нышкур» — составное прозвище: вторая часть «кур» (в тюркских языках — «поясница», «спина», «сухой», «серый») могла указывать на внешность или свойство. Например, «человек с острыми зубами» или «тот, у кого выступает спина» — прозвище по физической примете. Вторая, не менее вероятная версия — финно-угорская. В коми-пермяцком и удмуртском языках есть основа «ныш» со значением «сырой», «влажный», «болотистый». А «кур» в этих языках — «нога», «лапа» или «сухой» в ином контексте. Тогда Нышкур могло означать «болотная нога» или «тот, кто ходит по сырости» — прозвище охотника, рыбака или жителя низины.

География фамилии подсказывает, что она скорее всего северная или уральская. Подобные бессуффиксные фамилии встречаются у коми, удмуртов, марийцев, а также у сибирских татар. В метрических книгах XIX века единичные записи о Нышкур встречаются в Вятской губернии и в Пермском крае. Вряд ли фамилия была дворянской или купеческой: её носители, судя по контексту, были крестьянами или охотниками, жившими в удалённых деревнях.

Спор между тюркской и финно-угорской версией решается в пользу второй — из-за географии. В Вятке и Прикамье тюркское влияние слабее, чем финно-угорский субстрат. Но полностью исключать тюркский корень нельзя: фамилия могла попасть на север с переселенцами из южных степей. Окончательно определить значение можно только по конкретному семейному преданию или по записи в местном архиве — настолько редка и локальна эта фамилия.