Фамилия Нештун — редкая и необычная для русского уха. Вопреки распространённому шаблону, когда фамилии образовывались от крестильных имён (как, например, Иваненко, что буквально означало «сын Ивана»), основа здесь явно не календарная. Разбор слова указывает на то, что перед нами прозвище, закрепившееся за родом.

Скорее всего, в основе лежит глагол «нешто» — просторечная форма от «нечто» или «что». В южнорусских говорах и в украинском языке слово «нешто» употреблялось в значении «разве что», «что ли», а также как характеристика человека. Прозвище Нештун могли дать человеку задумчивому, рассеянному, который часто переспрашивал: «Нешто так?» — или, наоборот, тому, кто постоянно произносил это слово как словесную привычку. Такая модель типична для прозвищ, данных по характерной речевой особенности.

Суффикс «-ун» в русском языке традиционно указывает на деятеля или носителя признака: бегун, крикун, молчун. В фамилиях он встречается реже, чем «-ов» или «-ин», но хорошо известен: Толстун, Говорун. Таким образом, Нештун — это «тот, кто говорит "нешто"», подобно тому, как Молчун — тот, кто молчит. Фамилия застыла в форме мужского рода и не склонялась по типу притяжательных прилагательных, что говорит о её позднем закреплении, вероятно, в XVIII–XIX веках, когда прозвища фиксировались в документах без изменений.

Вторая версия, менее правдоподобная, связывает фамилию с немецким или еврейским корнем, где «-штейн» (камень) или «-тун» (заимствованное из скандинавских языков «тун» — усадьба) могли исказиться при записи. Но для этого нет убедительных исторических подтверждений. Ареал бытования фамилии — юг России и Украина, где слово «нешто» было в обиходе, что делает версию с прозвищем основной.

В документах фамилия встречается крайне редко, что неудивительно: прозвищные фамилии с суффиксом «-ун» не получили массового распространения, оставаясь локальными. Носители Нештун, скорее всего, происходят из одного или нескольких соседних сёл, где прозвище закрепилось за конкретной семьёй. Сегодня фамилия сохранилась в единичных экземплярах, что делает её ценным маркером для генеалогического поиска: каждый носитель, вероятно, родственник остальным.