Фамилия Нештукова — редкий пример, когда географическая привязка оказывается важнее морфологического разбора. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев или -ин, здесь суффикс -к- указывает не на патроним (по отцу), а на происхождение от прозвища или названия местности. Основа «Нештук» не встречается в древнерусских именах, и это сразу заставляет искать иной корень.

Скорее всего, фамилия связана с украинским или южнорусским словом «нештук» — искажённым «не штука», то есть «не вещь», «не предмет», а в переносном смысле «нечто странное, необычное». В диалектах этим словом могли называть чудаковатого человека, не от мира сего, или того, кто постоянно попадает в нелепые ситуации. Прозвище Нештук давали, скорее всего, с лёгкой иронией — не зло, а с удивлением. Вторая версия, менее вероятная, — от тюркского «неш» (знак, метка) с русским суффиксальным оформлением, но для фамилии Нештукова такое объяснение выглядит натянутым.

Суффикс -ов- в окончании — стандартный русский патронимический формант, но здесь он крепится не к личному имени, а к прозвищу. Женская форма Нештукова говорит о том, что фамилия прошла стандартную адаптацию: мужчина был Нештуков, его жена и дети — Нештуковы. Встречается фамилия крайне редко, в основном на юге России и в восточных областях Украины, что подтверждает диалектную природу основы.

Сословная принадлежность предков остаётся неясной: носители фамилии не фиксируются в дворянских родословных книгах, но и крестьянских записей с такой фамилией мало. Скорее всего, это были вольные поселенцы или казаки — в среде, где прозвища давали за характер, а не за ремесло. За полтора века фамилия не разошлась широко, что делает её своеобразным маркером конкретной семейной ветви, а не массового явления.