Фамилия Нивакшонов — редкий случай, когда попытка разобрать её по стандартной модели «имя-прозвище + суффикс» натыкается на глухую стену. С первого взгляда бросается в глаза необычное сочетание «кш» в середине — для русских фамилий это нетипично. Основа «Нивакшон» не похожа ни на одно распространённое славянское имя, прозвище или ремесло. В ней нет следов от «Нива» (поле) или «Никон» (каноническое имя). Скорее всего, перед нами фамилия, возникшая из искажённого, переосмысленного на русской почве иноязычного слова.

Наиболее вероятная версия — тюркское или арабо-персидское происхождение основы. В тюркских языках есть корень «нива» или «нева» (в значении «благо», «богатство»), а «кшон» могло быть частью сложного имени или титула. Например, имя Нивакшан (или Нивакшон) могло означать «дарующий благо» или «щедрый». В дореволюционной России, особенно в Поволжье и на Урале, тюркские имена часто адаптировались в фамилии с русскими суффиксами -ов и -ев. Сын человека по прозвищу Нивакшон становился Нивакшоновым. Такой путь прошли многие фамилии у татар, башкир и других народов, попавших в сферу русского административного учёта.

Вторая, менее правдоподобная гипотеза — искусственное происхождение. В XIX веке в духовных училищах и семинариях учащимся нередко меняли фамилии на благозвучные или «учёные». Нивакшонов могло быть образовано от латинского или греческого слова по созвучности — например, от «nivis» (снег) или «nix» (снег), что давало бы значение «снежный» или «белый». Но для семинарской фамилии это слишком сложная и неочевидная конструкция, обычно брали более прямые аналоги (Снегинский, Белов).

Географически фамилия Нивакшонов сегодня встречается крайне редко, в основном в нескольких регионах Центральной России и Западной Сибири. Это говорит о том, что род был немногочисленным и не дал массового расселения. Сословная принадлежность, скорее всего, крестьянская или мещанская, так как дворянские и купеческие фамилии с такой нестандартной основой почти не фиксируются в дореволюционных родословных книгах.

Таким образом, Нивакшонов — это фамилия-загадка, где за русским окончанием -ов прячется, вероятнее всего, тюркское личное имя. Её носителям стоит искать корни не в славянских словарях, а в ономастике народов Поволжья и Приуралья, где подобные искажённые заимствования — обычное дело.