Фамилия Невакшонова — редкий случай, когда основа читается как законченное слово, но сразу вызывает вопрос: что означает «вакшон»? Ответ лежит на поверхности, если вспомнить, как в старину чистили обувь и металлические изделия. Вакса — это чёрная краска или мазь для придания блеска сапогам. От неё образовался глагол «вакшить» (наводить глянец), а от него — имя деятеля: «вакшон» (тот, кто вакшит). Приставка «не-» в фамилиях обычно не отрицательная, а усилительная или соединительная, но здесь она работает как часть прозвища: «Не вакшон» — человек, который не занимался вакшением, то есть не был сапожником, чистильщиком или мастером по выделке кож. Со временем прозвище закрепилось за родом и получило женскую форму через суффикс -ов- (Невакшонов → Невакшонова).

Суффикс -ов- указывает на принадлежность: Невакшонова — буквально «дочь (или жена) Невакшонова». Мужская форма Невакшонов строится по стандартной модели от прозвища на твёрдый согласный. Такая модель типична для центральной России и Поволжья, где в XVII–XIX веках активно записывали крестьян и мещан по отчеству. Фамилия почти не встречается в дворянских родословных — скорее всего, её носители были ремесленниками или крестьянами, а прозвище дали по профессиональному признаку, точнее, по его отсутствию.

Географически фамилия привязана к югу России и Нижнему Поволжью: архивные записи фиксируют Невакшоновых в Саратовской и Астраханской губерниях. В этих местах в XIX веке было развито кожевенное и сапожное дело, так что прозвище «Не вакшон» могло возникнуть как насмешка над человеком, который сторонился грязной работы или не умел обращаться с ваксой. Второй, менее вероятный вариант — искажение фамилии Невокшонов (от «вокша» — устаревшее название воска), но большинство ономастов сходятся на связи именно с ваксой.

Ударение в фамилии падает на второй слог: Нева́кшонова. Встречается вариант с ударением на последний слог, но он ошибочен и возникает под влиянием просторечия. Правописание устойчивое, без вариантов через «о» после «к» — только «а» в корне, что подтверждает связь с «вакса», а не с «вокша».