Фамилия Неваконов — редкий пример отфамильного образования, где в основе лежит не имя и не прозвище, а готовая фамилия предка. Скорее всего, перед нами случай, когда в XVII–XIX веках крестьянин или мещанин, переходя на новое место жительства, получал прозвище по фамилии прежнего владельца земли или помещика. Если землевладельца звали Неваконов (или Невакон), то его бывший крепостной становился Неваконовым — то есть «человеком Неваконова». Такая модель встречается в русской ономастике, хоть и не так часто, как патронимы на -ов от личных имён.

Сама фамилия Неваконов, в свою очередь, скорее всего, происходит от прозвища Невакон. В нём угадывается отрицательная частица «не» и слово «вакон» — искажённое «вакон» (от лат. vaco — «быть праздным, свободным») или «вакансия». В русских говорах «вакон» могло означать незанятое место, пустую должность, а в переносном смысле — бездельника, человека, который ничем не занят. Прозвище Невакон тогда — «не бездельник», «не праздный», то есть работящий, занятой человек. Возможно ироничное закрепление: назвали так того, кто постоянно был при деле, в отличие от ленивых соседей.

Версия с иноязычным корнем менее вероятна, но не исключена. В южнорусских и украинских говорах «вакон» — заимствование из польского wakanс (вакансия), и прозвище Невакон могло закрепиться за человеком, который не имел постоянного места службы или, наоборот, избегал праздности. Однако для русской фамилии типичнее объяснение через помещичью принадлежность.

Суффикс -ов указывает на стандартную модель русских фамилий, сложившуюся к концу XVIII века. Географически фамилия Неваконов встречается крайне редко, в основном в центральных и южных областях России, что косвенно подтверждает её происхождение от конкретного помещичьего рода. Сведений о знатных носителях нет — фамилия осталась в крестьянской и мещанской среде. Ударение, по аналогии с другими фамилиями на -онов, падает на второй слог: Нева́конов.