Фамилия Низгодинская — редкий пример, где географическое происхождение почти наверняка перевешивает личное прозвище. Форма на -ская указывает на дворянский или польский шляхетский род, но чаще — на происхождение от топонима: человека назвали по месту, откуда он родом или где владел землей. В основе лежит название населённого пункта Низгодино или Низгода. Такие деревни встречались на западе России и в Беларуси (например, в бывшей Витебской губернии), и корень здесь прозрачный: «низ» (низина, низкое место) и «года» (в диалектах — время, погода, а также «годный»). Скорее всего, Низгода — это неудобное, сырое или болотистое место, где «год» для жизни был плох.

Мужская форма фамилии — Низгодинский. Окончание -ская/-ский типично для фамилий, которые возникали у помещиков по названию их имения, либо у духовенства (семинарские фамилии), либо у выходцев из Речи Посполитой, где такие окончания были нормой. В русской крестьянской среде фамилии на -ский встречались реже и часто указывали на переселенцев из западных губерний.

Есть и другая, менее вероятная версия: в основе лежит прозвище Низгода — человек, который «низко годится», то есть малопригоден, неудачлив. Но фамилия с суффиксом -ин (Низгодин) была бы логичнее для такого прозвища. Форма же Низгодинская чётко привязана к местности. Сравните с фамилиями Загорский, Подольский, Луговской — все они от названий мест.

В дореволюционных источниках фамилия почти не встречается, что говорит о её редкости и узколокальном бытовании. Возможно, носители жили в одном-двух уездах, а после революции разъехались. Сегодня Низгодинская — штучная фамилия, носители которой могут проследить свои корни до конкретной деревни, где когда-то стоял дом с названием «Низгода».