Фамилия Ниженец — редкий пример фамилии, образованной с помощью суффикса -ец, который в русской ономастике указывал на принадлежность человека к определённому месту или сообществу. В отличие от массовых суффиксов -ов/-ев (владение отца) или -ин (принадлежность к матери), -ец выделял человека по локальному признаку: «туляк» — из Тулы, «казанец» — из Казани. Ниженец, скорее всего, означает «житель Нижнего» — то есть выходец из Нижнего Новгорода или из любого села с названием Нижнее.

Основа фамилии — прилагательное «нижний», которое могло относиться к географическому положению: нижний конец деревни, нижняя улица, берег реки. В говорах «ниженец» иногда называли человека, жившего в нижней части поселения, в отличие от «верхней» стороны. Таким образом, прозвище Ниженец получал тот, кто селился «внизу» — у реки, в низине, или переехал из города Нижнего.

Встречается фамилия в основном на юго-западе России и в Беларуси, что нетипично: если бы корень был чисто географическим (Нижний Новгород), носители концентрировались бы в Поволжье. Но в белорусских и украинских землях слово «ниженец» могло быть диалектным прозвищем для крестьянина с нижнего поля или для человека невысокого роста. В словаре Б. Унбегауна подобные фамилии на -ец описываются как «патронимические по месту жительства», но без привязки к конкретному городу.

Спорный момент: некоторые исследователи связывают Ниженец с польским или литовским влиянием, где суффикс -ec (читается «-ец») был распространён в фамилиях ремесленников. Однако для славянских земель версия с «нижним местом» выглядит правдоподобнее: прозвище могло закрепиться за крепостным, который работал на нижнем наделе, или за переселенцем, который «снизу» пришёл в деревню.

В архивных записях XIX века фамилия встречается в метрических книгах Черниговской и Могилёвской губерний — среди мещан и государственных крестьян. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Сегодня Ниженец остаётся редкой фамилией: её носителей можно пересчитать по пальцам, и большинство живёт в Гомельской области Беларуси и в приграничных районах России.