Фамилия Ниженский — типичный пример фамилии, образованной по географическому принципу с помощью суффикса -ский. Такая модель в XVII–XIX веках была особенно распространена среди польской шляхты, украинской казацкой старшины и русского духовенства, но встречалась и у других сословий. Основа фамилии — название населённого пункта. Самый очевидный кандидат — город Нижний (ныне Нижний Новгород), но в славянском мире есть десятки сел и хуторов с корнем «ниж-»: Нижнее, Нижняя, Нижанка, Нижний и производные. Фамилия Ниженский буквально значит «выходец из такого места» или «тот, кто владел землей в Нижнем».

Обратите внимание на суффикс -енск- вместо более привычного -инск- (ср. Нижний → Нижинский). Форма Ниженский указывает на вариант названия поселения с окончанием -енск: например, село Ниженск или Ниженское. Такие топонимы встречаются в исторических документах по Слобожанщине и Черниговщине — в частности, в Харьковской губернии существовала слобода Ниженка. Таким образом, фамилия может иметь украинское или южнорусское происхождение.

Ударение в фамилии плавающее: в русской традиции чаще говорят Ниже́нский (от топонима), но возможен и вариант Ни́женский, если в основе лежало прозвище Нижний или Нижень. Прозвищная версия, впрочем, менее вероятна: прозвища от слова «низкий» образовывали фамилии с суффиксами -ов/-ев (Нижов, Нижев) или -ин (Нижин), а не -ский.

Есть ещё одна версия, спорная: связь с гидронимом Низь (река в бассейне Днепра) или с топонимом Нижанковичи (Львовская область). Однако для фамилии Ниженский такая привязка требует дополнительных документальных подтверждений, которых в открытых источниках пока нет. Наиболее надёжное объяснение — географическое, от названия села или города с корнем «ниж-».

Сословная принадлежность носителей фамилии была разной. Поскольку суффикс -ский в Российской империи часто давали при поступлении в духовные училища (семинаристы меняли бытовые фамилии на «благородные» — по названию села), не исключено, что Ниженский — семинарская фамилия. Но она могла возникнуть и естественным путём у крестьян или мещан, переселившихся из Ниженки в другой регион.

В современных базах фамилия встречается редко, что только подтверждает её локальное происхождение — скорее всего, от одного небольшого поселения или группы хуторов.