Фамилия Ниженковский звучит как типичная «географическая» фамилия, образованная от названия населённого пункта. Модель на -ский в русской традиции чаще всего указывала на помещичью или шляхетскую фамилию, но могла закрепиться и за крестьянами, переселившимися из деревни с таким корнем. Основа здесь — Ниженково, Ниженка или Нижнее.

Разбираем корень: «ниж-» (от «низ», «нижний»). Это могло быть название села, стоящего в низине, у низкого берега реки, или прозвище человека невысокого роста, «ниженки». Суффикс -енк- в топониме типичен для украинских и южнорусских названий (Ниженка, как и Кривенка, Маленка), а окончание -овский — уже чисто русская или полонизированная форма фамилии. Таким образом, Ниженковский — это «тот, кто родом из Ниженкова».

Вероятная география фамилии — юг России, Украина, Белоруссия. Названия вроде Ниженка встречаются в Черниговской и Сумской областях, а также в бывших малороссийских губерниях. Фамилия редкая, не массовая, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, предок был выходцем из одного конкретного хутора или села, и фамилия не «размножилась» по всей стране.

Интересная деталь: в украинском языке слово «нижче» означает «ниже», а «ниженка» — это не только географический объект, но и женское прозвище. Однако мужская фамилия на -ский закрепилась именно в форме прилагательного — Ниженковский, что характерно для дворянских или однодворческих фамилий, записанных по месту владения или службы. Если бы фамилия была чисто крестьянской, она чаще звучала бы как Ниженков (без -ский).

Спорных версий немного: пытаться связывать с глаголом «низить» или словом «нижник» (мастер по нижнему платью) маловероятно, так как суффикс -енк- указывает на уменьшительную форму, а не на профессию. Самый прямой путь — от названия села Ниженка или Ниженково, где жил родоначальник.