Фамилия Ниженков образована по одной из самых распространённых в России моделей — от прозвища или имени с помощью суффикса -ов, который указывал на принадлежность («чей?»). Основа здесь — Ниженко. Суффикс -енко в украинской и южнорусской традиции часто означал «маленький» или «сын» (как Никитенко — сын Никиты). Выходит, что Ниженко — это уменьшительное или патронимическое прозвище, а Ниженков — уже его русифицированная форма, закрепившаяся как фамилия.

Спорный момент — корень «ниж-». Самая прямая версия: прозвище Ниженко дали человеку невысокого роста, «нижнему» в прямом смысле. В говорах «нижаком» могли называть того, кто живет в нижней части села, у реки или в низине. Но возможна и другая трактовка: Ниженко — это искаженное Ниженко от имени Никита (через формы Никишка, Никша, Нижа). В пользу этого говорит то, что фамилии от Никиты встречаются повсеместно (Никитин, Никитенков, Никишин). Однако форма Ниженко встречается реже, чем, например, Никитенко, что делает версию с прозвищем по росту или месту жительства не менее вероятной.

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины, откуда шла миграция в центральные и поволжские губернии. В дореволюционных источниках Ниженковы чаще всего записаны как крестьяне или мещане. Сословной элиты среди носителей не было — фамилия осталась демократичной, без дворянских ветвей. Встречаются варианты написания: Нижинков, Нижников, но Ниженков — самая устойчивая форма с ударением на первый слог.

Если коротко: предок Ниженкова — либо низкорослый человек, либо житель низины, либо Никита в народном пересказе. Точнее сказать трудно — ономастика допускает оба пути, и выбирать приходится по косвенным данным.