Фамилия Низохина — женская форма фамилии Низохин, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Низохин буквально значит «сын Низохи» или «человек из рода Низохи». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а, -я.

Основа Низох- — это, скорее всего, форма прозвища Низох или Низоха. В русских говорах слово «низкий» могло относиться не только к росту, но и к положению в обществе, к характеру (человек «низкий» в смысле услужливый или, наоборот, подлый). Однако в ономастике есть и другая версия: прозвище могло возникнуть от географического термина «низ» — житель низины, низа реки или низовой стороны. В таком случае Низоха — человек, живший «внизу», на низком берегу или в нижней части села.

Фамилия Низохина — редкая. Встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, но не образует плотных гнёзд. Это говорит о том, что фамилия не принадлежала многочисленному сословию (например, крепостные крестьяне одной вотчины) и, вероятно, возникла в среде однодворцев или свободных крестьян-старожилов. Сравните с более частыми однокоренными фамилиями Низов, Низовцев, Низовкин — все они образованы от той же основы «низ», но с разными суффиксами, что даёт разные оттенки значения: «сын низового», «выходец с низовья», «маленький низкий человек».

Единственная сложность — возможное искажение при записи в документах. В говорах на месте «з» иногда звучало «с» (например, Нисохин), а путаница с буквами «о» и «а» в безударном положении давала вариант Назохин. Но проверочное слово — «низкий» — закрепляет написание через «з». Таким образом, предок современных Низохиных, скорее всего, получил прозвище по месту жительства или по внешнему признаку, а фамилия закрепилась за его детьми в формате «чьих будете?» — Низохины.