Фамилия Нкишин — редкий случай в русской ономастике, где написание резко расходится с произношением. Если произнести фамилию вслух, слышится «Нкишин», но на письме так и остаётся. Скорее всего, перед нами вариант фамилии Никишин, который закрепился в документах из-за особенностей диалектного произношения или ошибки писаря. В русских говорах, особенно северных и южных, редукция первого гласного («и» после «н») могла быть настолько сильной, что на слух слово звучало как «Нкишин», и при записи эту фонетику и фиксировали.

Основа фамилии — Никиша, уменьшительная форма канонического имени Никита (от греч. «никетес» — победитель). Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Никишин сын», то есть потомок человека по прозвищу или имени Никиша. Такая модель образования — одна из самых распространённых в центральной России: она даёт фамилии от имён, прозвищ и профессий, оканчивающихся на -а или -я.

Географически фамилия Нкишин, скорее всего, локальна. В отличие от массовой Никишиной, её вариант с утратой первого гласного встречается точечно, в основном в старых записях по Тверской, Псковской или Новгородской губерниям, где диалектное «аканье» и «иканье» особенно сильны. В современных справочниках Нкишин почти не фиксируется — носители либо вернулись к литературному написанию, либо фамилия осталась единичной.

С точки зрения словообразования, Нкишин — не результат какого-то особого суффикса, а чисто фонетическая мутация. Если бы не эта особенность, фамилия ничем не отличалась бы от десятков тысяч других на -ин. Интерес здесь именно в том, как устная речь перевесила письменную норму, создав уникальный паспортный облик.