Фамилия Ночников образована от прозвища или нецерковного имени Ночник. В старину так могли называть человека, который бодрствовал или работал по ночам: сторожа, пастуха при ночном выпасе лошадей, а возможно, и того, кто страдал бессонницей. Основа прозвища — слово «ночь» с суффиксальным оформлением, характерным для именований по роду деятельности или привычке.

Морфологически фамилия строится по типичной восточнославянской модели: корень «ноч-», суффикс «-ник» (указывающий на лицо, связанное с действием или предметом), и патронимический суффикс «-ов». Форма Ночников буквально означает «сын Ночника», а сам Ночник — это человек, имеющий отношение к ночи. Интересно, что в русских говорах «ночником» называли не только сторожа, но и ночного извозчика, а также светильник — маленькую лампу, горящую в темноте. Впрочем, прозвище от названия предмета маловероятно: именования по вещам встречаются реже, чем по занятиям.

Фамилия довольно редкая, её географическое распространение не даёт чёткой привязки к одному региону. Встречается в центральных областях России и в Поволжье, но без ярко выраженных гнёзд. В отличие от массовых фамилий вроде Новиков или Ночёвкин, Ночников не имеет однозначного «ремесленного» двойника. Сравните с фамилией Ночёвкин, где основа «ночёвка» указывает на место ночлега или на человека, который ночует вне дома — здесь семантика иная.

По сословной принадлежности Ночниковы, скорее всего, — потомки крестьян или мещан. Фамилии на «-ов» от прозвищ с суффиксом «-ник» обычно фиксировались в податных сословиях, где прозвище закреплялось за главой семьи и переходило к детям в форме притяжательного прилагательного. Дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не прослеживается.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель «-ников» разбирается как одна из самых продуктивных для образования фамилий от названий профессий и занятий. Ночников вписывается в этот ряд, но с оговоркой: исходное слово «ночник» в значении «сторож» или «ночной работник» не было таким распространённым, как «кузнец» или «плотник», поэтому и фамилия осталась на периферии частотного списка.