Фамилия Ноено — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано с исконно русскими корнями. В русском языке нет ни основы «ноен-», ни характерных для фамилий суффиксов (-ов, -ин, -ский). Скорее всего, перед нами фамилия, пришедшая из другого языка, и её разбор нужно начинать не с морфологии, а с географии бытования и возможного источника.

Самая вероятная версия — итальянское происхождение. В итальянском языке слово «noeno» (или «noèno») может быть производным от библейского имени Ноè (Noè — Ной). В таком случае Ноено — это фамилия, образованная от имени предка, возможно, с добавлением патронимического суффикса, характерного для некоторых регионов Италии. Носители такой фамилии — потомки человека по имени Ноэ (Ной), и их предки могли быть итальянцами, переселившимися в Российскую империю в XVIII–XIX веках (строители, архитекторы, купцы, художники).

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от тюркского или кавказского корня. В тюркских языках «нойон» означает «князь, господин», и фамилия могла трансформироваться в Ноено при адаптации к русскому языку. Однако такая форма без суффикса встречается крайне редко, и эта гипотеза слабее.

Третья, совсем редкая гипотеза — искусственное происхождение. В начале XX века, особенно после революции, некоторые люди меняли фамилии, выбирая благозвучные или необычные сочетания. Ноено могло быть придумано как фамилия, отдалённо напоминающая иностранную, но без конкретного смысла.

С точки зрения словообразования, фамилия Ноено не подчиняется русским моделям. Она не склоняется по падежам (как все фамилии на -о), и это тоже указывает на её нерусское происхождение. Встречается она преимущественно в записях XX века, единичными семьями, и не имеет массового распространения. Если вы носите эту фамилию, то ваш предок, скорее всего, был либо итальянцем по происхождению, либо человеком, сознательно выбравшим необычное родовое имя.