Фамилия Ногайцев напрямую связана с прозвищем Ногаец, которое в старину давали человеку, имевшему отношение к тюркскому народу, чьи кочевья простирались от Чёрного до Аральского морей. Чаще всего так называли выходца из этих степей, но прозвище могли закрепить и за русским, долго жившим среди ногайцев, торговавшим с ними или перенявшим их обычаи. Разбор фамилии прост: к основе Ногаец добавился типичный русский патронимический суффикс -ев, образующий притяжательное прилагательное, то есть «сын Ногайца». Модель образования та же, что у фамилий Казаковцев, Калмыков или Татаринов, — все они указывают на этническое происхождение или прозвище предка.

Сам этноним «ногайцы» имеет как минимум две версии происхождения. Первая, наиболее признанная, возводит его к имени золотоордынского темника Ногая, могущественного правителя и полководца, фактически державшего власть в западной части Орды. Вторая гипотеза, более экзотическая, связывает название народа с монгольским словом «собака» из-за мифического тотемного предка, но она не выдерживает серьёзной критики и воспринимается специалистами как народная этимология. Широкое хождение этноним получил в конце XIV — начале XV века, когда при хане Едигее оформилась Ногайская Орда — самостоятельное государство, занимавшее степи между Волгой и Яиком.

Традиционный уклад ногайцев определялся кочевым скотоводством: они разводили лошадей, верблюдов, овец, занимались отгонным животноводством. Славились ногайцы и как искусные охотники и рыболовы. Торговля также играла заметную роль в их жизни, ведь через ногайские степи проходили важнейшие на Восточном Кавказе караванные пути, включая ответвления Великого Шёлкового пути. Поэтому предок Ногайцевых мог быть не только воином или пастухом, но и купцом, хорошо знавшим дороги на юг.

Стоит уточнить, что фамилия Ногайцев — не единственная в этом ряду. Существуют однокоренные варианты Ногаев и Ногайцев, причём последняя форма с суффиксом -цев может указывать не только на прямое родство, но и на принадлежность к определённой общине или группе людей, носивших прозвище Ногайцы. В документах XVI–XVII веков, когда русские служилые люди активно осваивали южные рубежи, прозвище Ногаец встречалось нередко: его давали и татарам, перешедшим на русскую службу, и русским, отличившимся в степных походах. Так что основатель рода Ногайцевых действительно был представителем народности ногайцев либо человеком, тесно с ними связанным, — точнее сказать сложно, но оба пути ведут в приволжские и приуральские степи.