Фамилия Новченко образована по самой распространённой в украинской ономастике модели — с суффиксом -енко, который изначально означал «сын» или «потомок». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, украинские фамилии на -енко не склоняются по падежам и в XVII–XVIII веках закрепились в казачьей среде, а затем разошлись по всей Малороссии и южным губерниям Российской империи.

Основа фамилии — Новко. Это не полное имя, а гипокористическая (уменьшительная) форма от одного из крестильных имён: вероятнее всего, от Ново — народной формы имени Иов (в украинском звучании Йов, с переходом в Нов), либо от Новомир, Новосел, что встречалось в славянской традиции как охранительное имя. В украинских говорах слово «новий» могло дать прозвище «Новко» — пришлому человеку, новосёлу. Таким образом, Новченко — буквально «потомок Новка», а Новком могли называть либо ребёнка с пожеланием новизны и обновления, либо переселенца, который поселился на новом месте.

Географически фамилия плотнее всего привязана к Полтавской, Черниговской и Харьковской губерниям — классической зоне украинских фамилий на -енко. В XIX веке носители Новченко были преимущественно крестьянами и казаками, реже — мещанами. Дворянской ветви фамилия не имела: в родословные книги вносились единичные случаи, связанные с выслугой чина, а не с наследственным статусом.

Интересная деталь: в русских переписях фамилию иногда записывали как Новиченко или Новицкий — под влиянием общего корня «нов-» и звуковой схожести. Но Новченко отличается тем, что усечённая основа (Новко вместо Новик) встречается реже, что делает фамилию более локальной и узнаваемой именно в восточной Украине. Встречаются варианты с разным ударением: на первый или на второй слог, но литературная норма — ударение на «о» в основе (Новченко).