Фамилия Новченкова — женская форма фамилии Новченков, и её происхождение стоит разбирать через мужской вариант. Основа здесь — прозвище или мирское имя Новчик. В русской ономастике суффикс -чик часто указывал на молодого человека, ученика или подмастерья: так, Новчик — это, скорее всего, «новичок», то есть человек, недавно пришедший на новое место, поселившийся в деревне позже остальных либо вступивший в ремесленную артель новичком.

Фамилия образована по типичной модели: к основе Новчик добавили суффикс -ов, что дало фамилию Новчиков. Но в говорах, особенно в южнорусских и некоторых среднерусских областях, вместо -ов мог появляться суффикс -енков (или -ёнков). Это патронимическая форма, буквально означающая «сын Новчика». Новченков — результат такого диалектного преобразования: звук «и» под влиянием аканья или местного произношения перешёл в «е», а суффикс -ов сменился на -енков. Таким образом, Новченков — это вариант фамилии Новчиков, закрепившийся в определённых регионах.

Географически фамилия Новченков (и её женская форма) чаще всего встречается в областях, где было распространено окончание -енков: это Брянская, Курская, Орловская, Липецкая области, а также частично Воронежская и Ростовская. В этих местах подобные фамилии (Трошенков, Ивашенков) — обычное явление. Социально предки Новченковых могли быть крестьянами или посадскими людьми, у которых прозвище «Новчик» фиксировало их статус пришлых или недавних поселенцев.

Есть и вторая, менее вероятная версия: основа могла быть связана с именем Новак (от «новый»), но тогда фамилия скорее звучала бы как Новаков или Новаченков. Форма Новченков указывает именно на уменьшительное «Новчик», а не на полное имя. Поэтому наиболее правдоподобно — прозвище по признаку новизны: новый житель, новый работник, новый человек в общине. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» разбираются подобные модели, хотя конкретно Новченков там не упомянут — это региональный вариант, не попавший в общероссийские справочники.