Фамилия Новаенкова — женская форма фамилии Новаенков, и её разбор стоит начать с неочевидного: суффикса -енк-. В русских фамилиях он встречается реже, чем -ов/-ев или -ин, и указывает на украинское или белорусское происхождение основы. Суффикс -енко (в русифицированной форме -енк-) традиционно означал «малый», «сын» или «потомок»: Новаенко — буквально «сын Новая» или «маленький Новой». В XIX веке при переселении носителей таких фамилий в великорусские губернии или при записи в ревизские сказки окончание часто меняли на -ов, чтобы фамилия звучала по-русски. Так Новаенко превратился в Новаенков, а Новаенкова — это уже «принадлежащая роду Новаенковых».

Корень «Нова-» восходит к прозвищу Новой. В русских говорах «новой» могло означать «новичок», «новый человек» в деревне, общине или на службе. Так могли прозвать переселенца, недавно приехавшего на новое место, или молодого работника, только начавшего дело. Реже — человека, носившего что-то новое (например, новую одежду) в отличие от остальных. Встречается и другая версия: прозвище могли дать родившемуся в семье, где уже были дети, подчёркивая его «новизну».

Географически фамилия Новаенков редкая. Основной ареал — южные области России, граничащие с Украиной: Курская, Белгородская, Воронежская, а также Ростовская область. Встречается и в восточных регионах Украины, где фамилии на -енко сохранились в исходном виде. В центральной России и Сибири Новаенковы появлялись в результате переселений конца XIX — начала XX века.

Сословной принадлежности по фамилии не определить: Новаенковы могли быть и крестьянами, и мещанами, и казаками. Прозвище Новой не несло социальной окраски — его давали по бытовому признаку. Сравните с однокоренными фамилиями: Новиков (самая массовая, от «новик» — новобранец или новый слуга), Новак (украинский и польский вариант с тем же значением), Новохатский (от «новый хата»). Новаенков стоит особняком из-за двойной суффиксации: сначала уменьшительный -енк-, потом адаптирующий -ов-, что выдает историю миграции носителей из украинской среды в русскую.