Фамилия Новоченкова — женская форма фамилии Новоченков. Её основа — прозвище или неканоническое имя Новоченок. В русских говорах «новоченок» могло означать «новый человек», «новичок» — того, кто недавно поселился в деревне, пришлого работника или молодого члена общины. Слово образовано от прилагательного «новый» с уменьшительно-ласкательным суффиксом -енок, который в древнерусском языке часто давал прозвища детям или молодым людям: «новый» + «-енок» = «новоченок», то есть буквально «новенький».

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Новоченков стоит в ряду с такими, как Молодченков, Старченков, Свеженков — все они образованы от прозвищ на -енок, указывающих на возраст или статус человека. Суффикс -ов в мужской форме фамилии — типичный русский патронимический суффикс, означающий «сын Новоченка» или «принадлежащий Новоченку».

Географически фамилия редкая. Основные очаги встречаются в южнорусских областях — в Курской, Белгородской, Воронежской губерниях, где диалектное слово «новоченок» было в ходу. В центральных и северных регионах России чаще использовали слово «новичок» или «новенький», поэтому вариант с суффиксом -енок выдает южное или западнорусское происхождение рода.

В дореволюционных источниках фамилия фиксируется в основном в крестьянской среде. Прозвище Новоченок давали не только пришлому человеку, но и, например, младшему сыну в семье, который родился «на новом месте» после переезда. Иногда так называли человека, который сменил веру или перешел в другую общину — в старообрядческой среде такие прозвища были распространены.

Спорных версий происхождения у фамилии немного. Поскольку корень «нов-» прозрачен, попытки связать её с тюркскими или финно-угорскими основами выглядят натянутыми. Более правдоподобно, что Новоченков — чисто русская фамилия, образованная от бытового прозвища, которое фиксировало социальный статус или обстоятельства появления человека в коллективе.