Фамилия Новоженков — один из тех случаев, когда прозвище, данное человеку, спустя несколько поколений превратилось в наследственное имя. В основе лежит слово «новожен» (или «новожён»), которое в старину означало «молодожён», «недавно женатый мужчина». Суффикс -ов указывает на принадлежность: Новоженков — буквально «сын Новожена». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ, характеризующих семейное положение человека.

Интересно, что в говорах слово «новожен» имело и более конкретный бытовой оттенок. В некоторых регионах так называли зятя, который после свадьбы жил в доме родителей жены (примака). То есть прозвище могло закрепиться за мужчиной, который «пришёл в дом» к невесте, что в крестьянской среде было заметным и не всегда одобряемым явлением. Таким образом, первый носитель фамилии мог быть не просто молодым мужем, а именно пришлым зятем.

Фамилия Новоженков встречается преимущественно в центральных и поволжских областях России, что косвенно подтверждает её русское происхождение без иноязычных примесей. В документах XVIII–XIX веков она фиксируется в среде государственных крестьян и мещан. Вариант с ударением на второй слог (Новоже́нков) считается литературной нормой, хотя в народной речи нередко встречается ударение на третьем слоге.

С точки зрения словообразования, фамилия показательна: она сохранила архаичную форму «новожен» без уменьшительного суффикса (в отличие от, скажем, «Новоженцев» или «Новожёнкин»). Это указывает на то, что прозвище дали взрослому человеку, а не ребёнку. Родственные фамилии — Новоженов, Новоженин, Новоженцев — различаются лишь суффиксами, но корень у всех один: «ново-» (новый) и «-жен» (от «жениться»).