Фамилия Новоженин образована от прозища Новожен. Так на Руси называли недавно женившегося человека, молодожёна. Слово составное: «ново-» в значении «недавно, только что» и «-жен» от глагола «женить». Подобная модель встречается и в других фамилиях, например, Новожёнов, где основа та же, но оформлена иным суффиксом. Форма Новоженин указывает на принадлежность: «сын Новожена», «из рода Новоженовых».

Прозвище Новожен могло закрепиться за человеком не как постоянное имя, а как бытовая характеристика. В крестьянской среде, где фамилии в массовом порядке начали закрепляться лишь после отмены крепостного права в 1861 году, такие прозвища часто становились основой для фамилий. Новоженин — это «тот, кто происходит от Новожена», то есть потомок человека, которого в своё время прозвали по случаю женитьбы.

Сам свадебный обряд, к которому восходит это прозвище, сложился в XIII–XIV веках. Он был строго организован и включал обрядовые песни, причеты, обязательные действия невесты, дружки и других участников. При этом обряд сильно различался по регионам: на севере России музыкальная часть почти полностью состояла из причетов, а на юге — из весёлых песен, роль причета там была более формальной. В некоторых региональных традициях в структуре и деталях обряда ощущаются дохристианские истоки и элементы магии.

Прозвище Новожен могли дать не только самому жениху, но и, например, человеку, который недавно переехал в новое место и обзавёлся хозяйством, — в некоторых говорах «новожён» означало и «новосёл». Однако основное и наиболее вероятное значение — именно молодожён. Фамилия Новоженин встречается в центральных и северных областях России, что косвенно подтверждает её крестьянское происхождение: в этих краях фамилии от прозвищ были особенно распространены.

Суффикс -ин в фамилии указывает на притяжательность, то есть отвечает на вопрос «чей?». Это одна из древнейших моделей русских фамилий, характерная для имён и прозвищ, оканчивающихся на согласный или -а. В данном случае основа Новожен- дала форму Новоженин, аналогично тому, как от прозвища Балакирь образовалась фамилия Балакирин, а от Гаркун — Гаркунин.