Фамилия Новожень — редкий случай, когда прозвище застыло в именительном падеже без типичных фамильных суффиксов (-ов, -ин, -ский). Такая модель образования в русской ономастике встречается нечасто и обычно указывает на то, что фамилия либо очень старая (дворянская или боярская, где прозвище переходило напрямую), либо, что вероятнее, — украинского или белорусского происхождения. В восточнославянской традиции фамилии без суффикса (так называемые «прозвищные» фамилии) особенно характерны для Украины и юго-западных регионов России.

Сам корень «новожень» напрямую связан со словом «новожён» — так в старину называли молодожёна, недавно вступившего в брак. Слово образовано от «новый» + «жена» (жениться). Прозвище Новожень могли дать человеку вскоре после свадьбы, чтобы выделить его среди других — например, в деревне, где все друг друга знали, «Новожень» было удобным бытовым именем. Со временем это прозвище закрепилось за ним, а затем и за его детьми как фамилия.

Есть и другая версия: в некоторых говорах «новожень» могло означать не просто молодожёна, а пришлого, нового поселенца, который «оженился» на местной девушке и остался жить в чужой общине. Такой человек долго мог оставаться «новоженем» в глазах соседей, и прозвище становилось его фамильным знаком.

Поскольку фамилия не получила суффиксальной обработки, её носители, скорее всего, происходят из простых крестьянских или казачьих слоёв, где фамилии часто складывались стихийно, без участия канцелярий. Встретить фамилию Новожень можно преимущественно на Украине, в Беларуси и в приграничных областях России (Брянская, Смоленская, Курская). В центральных и северных регионах России она почти не встречается — там предпочли бы форму Новожёнов или Новоженцев.