Фамилия Новоенко — один из тех редких случаев, когда смена гласной в корне полностью замаскировала профессиональное прозвище предка. По сути, это фонетический вариант более старой фамилии Навоенко, которую образовали от прозвища Навой. Смысл, заложенный в основу, — чисто ремесленный, ткацкий.

Если копнуть в значение слова «навой», то обнаружится конкретный предмет: так называли большую катушку для навивки нитей основы, а также задний вал ткацкого стана, на который эта основа наматывалась. Само слово произошло от глагола «навивать», то есть «наматывать, навертывать». Человек, получивший прозвище Навой, скорее всего, был ткачом или работником текстильной фабрики — его работа напрямую была связана с этим тяжелым валом и натяжением нитей.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: к основе Навой добавили суффикс -енко, который в украинской и южнорусской традиции указывал на потомка («чей-то сын»). То есть Навоенко — это буквально «сын Навоя». А вот переход «а» в «о» в первом слоге — типичное явление аканья, когда безударная гласная произносится одинаково. Человек, писавший фамилию на слух, фиксировал её как Новоенко, и со временем этот вариант закрепился в документах как самостоятельный.

Стоит отметить, что фамилия не имеет отношения к слову «новый» — это ложная ассоциация, которая возникает у большинства. Корень здесь исторический, связанный с процессом навивания, а не с новизной. Поэтому, анализируя фамилию Новоенко, мы говорим не о «новом человеке», а о потомке мастера ткацкого дела. Версия о происхождении от прозвища Навой выглядит наиболее правдоподобной, так как полностью объясняет и форму, и семантику исходного слова.