Фамилия Новоенина — женская форма фамилии Новоенин, которая встречается редко и вызывает вопросы уже на уровне произношения: ударение, скорее всего, падает на второй слог — Ново́енин. При разборе сразу бросается в глаза необычная модель: основа «Новоен-» не похожа на типичные русские календарные имена или распространённые прозвища.

Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или мирского имени, которое могло звучать как Новоеня. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Новоенин, то есть сын или потомок Новоени. Формы на -еня в русских говорах нередко носили уменьшительно-ласкательный или, наоборот, ироничный оттенок (ср. Костеня от Константин, Важеня от Важа). Сама основа «Ново-» прозрачна: «новый». Возможно, прозвище Новоеня давали новорождённому, позднему ребёнку, пришлому человеку на новом месте или тому, кто вводил что-то новое в хозяйстве.

Менее вероятна, но возможна связь с топонимом: в России есть несколько мелких речек и урочищ с корнем «Ново-» (Новенькая, Новинка), однако окончание -еня в названиях почти не встречается. География фамилии узкая: по данным открытых источников, Новоенины встречаются в основном в центральных и южных областях России, единично — на Урале. Это говорит о локальном происхождении, возможно, в среде однодворцев или государственных крестьян, где фамилии часто фиксировались по прозвищам, а не по роду занятий.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Новин, Новиков, Новичков) показывает, что Новоенин стоит особняком: в ней нет типичного суффикса -ик или -ов, а редкое окончание -еня делает её почти уникальной. В дореволюционных метриках эта фамилия практически не прослеживается, что может указывать на её позднее оформление — в XIX веке или даже после отмены крепостного права, когда прозвища окончательно закреплялись в документах.