Фамилия Новочнеко — один из тех редких случаев, когда написание сбивает с толку и заставляет искать несуществующие корни. На первый взгляд кажется, что в основе лежит что-то «новое» или «ночное». Но на самом деле перед нами типичный пример того, как при записи фамилии «на слух» буква «а» превратилась в «о» под влиянием акающего произношения. Правильная морфологическая разбивка выглядит так: основа «Новач» (или «Новак») плюс суффикс принадлежности «-енко». То есть исходная форма — Новаченко, где «Новак» — это распространённое в старой Украине и Беларуси прозвище для новичка, нового поселенца или человека, недавно пришедшего в общину.

Фамилия образована по продуктивной восточнославянской модели с патронимическим суффиксом «-енко», который в украинской ономастике означает «сын» или «потомок». Таким образом, Новочнеко (изначально Новаченко) — это буквально «сын Новака». Прозвище Новак (или Новач) было очень популярным: так называли не только пришлых людей, но и солдат-новобранцев, а также молодых мастеров, только начавших самостоятельную работу. В польском и белорусском языках слово «nowak» имело то же значение, поэтому фамилия встречается не только на территории современной Украины, но и в южных регионах Беларуси и восточной Польше.

Уникальность фамилии Новочнеко в том, что она демонстрирует фонетическую адаптацию: под влиянием «аканья» (распространённого в южнорусских и некоторых украинских говорах) безударная «а» в корне перешла в «о», а сочетание «чн» возникло из более мягкого «ч» перед суффиксом. В письменных источниках XIX века можно встретить варианты Новаченко, Новачко и даже Новачнеко. Именно форма Новочнеко закрепилась как самая редкая и диалектная, указывающая на конкретный регион бытования — вероятно, юг Черниговщины или Полтавщины, где такие фонетические сдвиги были нормой.

Никакой связи с «ночью» или «новостью» здесь нет. Фамилия говорит о предке, который в своё время был «новичком» — либо переехал на новое место, либо начал новое дело. С точки зрения социальной истории, это типичная фамилия крестьян и казаков, не имевшая дворянского статуса. Встречаемость её крайне низкая, что делает каждое упоминание в метрических книгах ценной зацепкой для генеалога.