Фамилия Новоточен — редкая и структурно необычная. В ней сразу заметен корень «ток» (от «течь», «точить»), но фамилия образована не от него напрямую, а через сложную модель с приставкой и суффиксом. Если отбросить окончание -ен (которое в русских фамилиях встречается редко и чаще указывает на украинское или белорусское влияние), основа — Новоточен-. Здесь видны два элемента: «ново-» (новый) и «-точен-» (от «точный» или «точить»). Скорее всего, фамилия восходит к прозвищу Новоточеный — так могли назвать человека, который недавно отточил инструмент, или, в переносном смысле, человека с острым языком, новичка, только «обкатанного» в деле. В северных и сибирских говорах слово «точёный» означало «ловкий, бойкий», а «новоточеный» — «недавно ставший таким».

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта вроде Новый Ток или Новоток, где «ток» — это место для молотьбы зерна. Тогда Новоточен — человек, пришедший оттуда. Однако такая топонимическая модель с суффиксом -ен нехарактерна для русских фамилий (обычно было бы Новотоков или Новотоцкий). Поэтому прозвищное происхождение выглядит убедительнее.

Суффикс -ен в фамилии — редкость. В русской ономастике он встречается в украинизированных формах (например, Коваленко, но там -енко), а в чистом виде — в единичных случаях, как усечение от более полной формы. Возможно, фамилия Новоточен — это фонетическая запись прозвища Новоточеный, где окончание -ый со временем отпало, как в фамилиях Дурново, Благово. Такой процесс типичен для старых дворянских или купеческих фамилий, но подтверждений этому по Новоточену нет.

Географически фамилия встречается крайне редко, преимущественно в центральных областях России и в Зауралье. В дореволюционных переписях она почти не зафиксирована, что говорит о её позднем возникновении или малом числе носителей. Среди известных людей с такой фамилией нет публичных фигур — это фамилия, которая осталась в тени истории, но от этого не менее интересна для словообразовательного разбора.