Фамилия Ножинкин образована от прозвища Ножинка. Само прозвище — уменьшительная форма от слова «нож», и в этом ключ к пониманию фамилии. В русских говорах «ножинка» могло означать не просто маленький нож, а конкретный предмет быта: складной ножик, нож для резки хлеба или сала. Человек с таким прозвищем, скорее всего, был либо ножовщиком — мастером, делавшим ножи, — либо щеголем, носившим при себе дорогой, нарядный нож как аксессуар. В крестьянской среде нож был универсальным инструментом, но прозвищем Ножинка редко награждали за владение обычным ножом — скорее за особую примету: например, за привычку точить нож на ходу или за то, что никогда не расставался с любимым ножиком.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ножинкин буквально означает «сын Ножинки». Это типичная модель русских фамилий XVI–XVII веков, когда прозвище отца переходило к детям в притяжательной форме. Менее вероятна, но возможна версия, что в основе лежит не прозвище, а мирское имя Ножинка: в дохристианской Руси детей могли называть по предметам быта, чтобы обмануть злых духов — мол, это не человек, а вещь, нечего на него покушаться.

География фамилии узкая. Ножинкины — редкая фамилия, встречающаяся в основном в Поволжье и центральных областях России. В дореволюционных переписях она фиксировалась преимущественно среди государственных крестьян и мещан. Судя по окончанию на -ин, а не на -ский, фамилия не дворянская и не семинарская — её корни в простонародной среде, где прозвища давали по занятиям или характерным чертам.

Родственные фамилии — Ножкин, Ножиков, Ножевников — образованы от тех же корней, но с разными суффиксами. Ножинкин стоит особняком: уменьшительная форма прозвища с двойным суффиксом (-инк- + -ин) встречается реже, чем прямые формы. Это делает фамилию более «домашней», почти ласкательной — будто предка звали не просто Нож, а Ножинка, подчёркивая не размер, а отношение.