Фамилия Нудженко звучит на украинский лад, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель «-енко» — типичный украинский патроним, то есть указание на происхождение от отца или предка по мужской линии. В XVII–XVIII веках такие фамилии массово закреплялись за казаками и крестьянами Левобережной и Слободской Украины. Нудженко буквально означало «сын Нуджи» или «человек из рода Нуджи». Но что скрывается за этим коротким корнем?

Основа «нудж-» в украинском и русском языках связана с глаголом «нудить» — принуждать, заставлять, навязывать, а также вызывать тоску или скуку. В диалектах «нуджа» могла означать нужду, бедность или назойливого, приставучего человека. Однако у слова есть и другое, менее очевидное значение: в некоторых говорах «нудити» означало «медлить, тянуть время». Таким образом, прозвище Нуджа могли дать либо тому, кто постоянно жаловался на нужду и тяготы, либо человеку с тяжелым, навязчивым характером, либо, наоборот, неторопливому и вялому работнику.

Версия с именем-основой менее вероятна, но не исключена. В ономастике встречаются случаи, когда корень «нуд-» восходит к краткой форме редкого канонического имени. Например, от Иуда (в народном произношении Иуда, Юда) через промежуточные формы вроде Нуда. Но для фамилии Нудженко эта гипотеза слабая: суффикс «-енко» требует четкой основы, и «Нудж» как имя нигде не зафиксирован. Правдоподобнее всего — прозвищное происхождение.

Географически фамилия Нудженко чаще всего встречается в центральных и восточных областях Украины, а также среди потомков переселенцев на Кубани. В дореволюционных метрических книгах её носители — в основном казаки и крестьяне, без указания на дворянство или духовенство. Сходные однокоренные фамилии — Нудьга, Нудный, Нудин — подтверждают, что в основе лежит характеристика человека, а не имя святого или название профессии.