Фамилия Нудненко принадлежит к распространённому на востоке Украины и юге России типу фамилий на -енко. Модель образования здесь прозрачна: суффикс -енко в XVII–XVIII веках был показателем патронима — «сын такого-то» или «потомок такого-то». В основе лежит имя или прозвище Нудный, а оно, в свою очередь, восходит к прилагательному «нудный».

Слово «нудный» в старом русском и украинском языках имело значение, заметно отличающееся от современного. Если сегодня «нудный» — это скучный или надоедливый человек, то раньше «нуда» означала «тоска», «скука», а также «бедствие» и «тяжёлая нужда». В словаре Владимира Даля зафиксировано: «нуда — тоска, грусть, докука, а также бедность и принуждение». Прозвище Нудный могли дать человеку угрюмому, постоянно жалующемуся на жизнь, либо тому, кто вызывал у окружающих чувство жалости своей тяжёлой долей. Не исключён и более конкретный бытовой оттенок: «нудить» означало «заставлять, принуждать», поэтому Нудным могли прозвать настойчивого или требовательного человека.

В украинской ономастике фамилии с основой Нуд- встречаются нечасто, но устойчиво. Параллельные формы — Нудько, Нудный, Нуденко. Географически Нудненко чаще всего фиксируется в Полтавской, Черкасской и Киевской областях, откуда в XIX веке носители фамилии мигрировали на Кубань и в Ставрополье. Это типичная крестьянская или казачья фамилия: люди с ней не принадлежали к дворянству, а были, скорее всего, свободными хлеборобами или реестровыми казаками.

Интересно, что в некоторых говорах «нудный» могло означать «скупой» или «прижимистый» — от глагола «нудиться» (скупиться, жалеть). Если это так, то прозвище характеризовало не характер, а манеру вести хозяйство. В любом случае, фамилия Нудненко — не про скуку, а про тяготы и особенности быта, которые предки закрепили в родовом имени.