Фамилия Нудненка звучит не по-русски — и это верная догадка. Она принадлежит к украинской модели фамилий на -енко, самой распространённой на востоке и в центре Украины. Суффикс -енко исторически означал «маленький» или «сын»: Нудненка — буквально «сын Нудного» или «потомок Нудного». То есть в основе лежит прозвище Нудный, которое и стало семейным именем.

Прозвище Нудный в старину давали человеку с тяжёлым, занудным характером — тому, кто постоянно придирается, ворчит или надоедает однообразием. В говорах слово «нудный» означало не только «скучный», но и «докучливый», «назойливый». Вряд ли такое прозвище было комплиментом: скорее, его закрепляли за тем, кого в округе считали утомительным собеседником или придирчивым хозяином.

Фамилия Нудненка — нечастый вариант. Обычно украинские фамилии на -енко образуются от имён (Иваненко, Петренко) или профессий (Коваленко, Шевченко). Здесь же — от качественного прилагательного, что встречается реже. Сравните с однокоренными: Нуднов, Нудный — эти фамилии больше характерны для русской среды, а Нудненка прямо указывает на украинское происхождение.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины, но из-за миграций XIX–XX веков могла закрепиться и на юге России, в Краснодарском крае или Ростовской области. Встречается она нечасто, поэтому её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких близких родов.

С точки зрения словообразования всё прозрачно: корень нуд- (от общеславянского *nuditi — «принуждать, томить»), суффикс прилагательного -н-, и фамильный формант -енка. Ударение, судя по аналогичным фамилиям (Харченко, Ткаченко), падает на первый слог: Ну́дненка.