Фамилия Нукишев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На первый взгляд она напоминает множество русских фамилий на -ев, образованных от тюркских или арабских имен. Однако в данном случае корень «Нукиш» не встречается ни в популярных мусульманских именниках, ни в известных тюркских прозвищах. Это заставляет искать другие пути.

Скорее всего, фамилия Нукишев — это русифицированная форма казахской или башкирской фамилии, зафиксированная в документах при переходе на русское делопроизводство. Исходная основа — казахское имя Нукеш (Нүкеш) или его диалектный вариант Нукиш. В казахском языке слово «нүкеш» может означать «узор, орнамент» или «отметина, родинка». В переносном смысле так могли назвать ребенка с приметной родинкой или же мастера-орнаментальщика. Суффикс -ев в русском варианте заменил тюркский патронимический суффикс -улы/-кызы, превратив имя отца в наследственную фамилию.

Географически фамилия Нукишев тяготеет к северо-западному Казахстану и прилегающим областям России (Оренбуржье, Астраханская область). Встречается она и у башкир, но реже. Если предки носителя фамилии были казахами, то фамилия могла возникнуть в XIX — начале XX века, когда русские чиновники массово записывали кочевое население, адаптируя имена под привычные русские окончания.

Есть и менее вероятная, но возможная версия. В некоторых говорах русского Севера словом «нукиш» могли называть нечто мелкое, незначительное — от глагола «нукать» (понукать, торопить). Однако эта гипотеза слаба: фамилия не фиксируется в северных переписях, а ее ареал однозначно указывает на тюркские корни.

Таким образом, Нукишев — это в первую очередь память о далеком предке по имени Нукеш (Нүкеш). Фамилия не древняя, а сформировавшаяся в эпоху Российской империи, когда тюркские имена получали русское оформление. Встретить ее можно редко, и почти всегда ее носители имеют родственные связи с казахской или башкирской культурой.