Фамилия Нукушев — одна из тех, что заставляют задуматься о географии и этнических корнях. В отличие от распространённых фамилий на -ов, образованных от славянских имён или прозвищ, Нукушев ведёт свою историю из тюркской среды. Её основа — личное имя Нукуш, которое до сих пор бытует у ряда народов Поволжья, Приуралья и Средней Азии. Суффикс -ев здесь выполняет стандартную функцию притяжательного падежа: Нукушев буквально означает «потомок Нукуша».

Само имя Нукуш — неканоническое, то есть не связанное напрямую с исламской или христианской традицией имён. В башкирском и казахском языках у него есть прозрачная этимология: «нукуш» (варианты «нуҡыш», «нықыш») означает «упорный», «настойчивый», «выносливый». Так могли назвать ребёнка, желая ему твёрдости характера и способности преодолевать трудности. В татарской среде встречается схожее имя Нукуш с тем же значением, хотя там оно менее частотно, чем в Башкортостане.

Географически фамилия Нукушев наиболее плотно представлена в Оренбургской области, Башкортостане и Челябинской области. Это зона расселения южных башкир и оренбургских казаков, среди которых было много тюркоязычных представителей. Встречаются Нукушевы и в Казахстане, особенно в Западно-Казахстанской и Актюбинской областях, что указывает на общую кочевую историю и миграции между Уралом и степью.

Словообразовательная модель фамилии — тюркское имя + русский патронимический суффикс — типична для конца XVIII — XIX века, когда у башкир, татар и казахов начали массово фиксировать фамилии по русскому образцу. До этого человека называли по отцу: Нукуш улы («сын Нукуша»). При переходе в официальные документы приставка «улы» заменялась на -ев или -ов. Вариант Нукушев, а не Нукушов, подсказывает, что основа оканчивалась на мягкий шипящий или «ш», что грамматически потребовало суффикса -ев.

В отличие, скажем, от фамилии Нукушов (которая встречается реже), форма Нукушев более архаична и точнее передаёт звучание исходного имени в диалектах. Если бы фамилию давали от прозвища, а не от имени, она могла бы звучать иначе. Но в данном случае перед нами классический пример родового имени, где основа не утратила связи с личным именем предка.

Социальный состав первых носителей фамилии был пёстрым: среди Нукушевых встречались и рядовые скотоводы, и зажиточные баи, и служилые люди — например, толмачи (переводчики) при Оренбургской пограничной комиссии. Однако выделить единое сословие не получится: фамилия распространена слишком широко, чтобы говорить об одном роде занятий предков.