Фамилия Накишев — редкий случай, когда основа не лежит на поверхности. Нет очевидной связи с распространёнными ремёслами или чертами характера. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать словообразовательную модель и посмотреть на возможные корни.

Суффикс -ев указывает на патронимическую модель: фамилия образована от имени или прозвища Накиш. Такая форма характерна для русских фамилий, где основа оканчивается на шипящий или мягкий согласный. Само имя Накиш — это, скорее всего, усечённая или разговорная форма от канонического имени. Наиболее вероятная версия — связь с именем Никита. В диалектах и просторечии Никиту могли называть Никиш, а от него — Накиш (через аканье, когда безударное «и» переходит в «а»). Таким образом, Накишев — это «сын Накиша», то есть потомок человека, которого в быту звали уменьшительно от Никиты.

Вторая, менее распространённая версия, отталкивается от тюркского корня. В некоторых тюркских языках «накыш» означает «узор», «орнамент» или «роспись». Прозвище Накиш могли дать человеку, который занимался резьбой, вышивкой или любым другим декоративным ремеслом. Эта версия правдоподобна для регионов с сильным татарским или башкирским влиянием, но требует подтверждения географией фамилии. Если большинство носителей Накишевых сосредоточено в центральной России, версия с Никитой выглядит естественнее.

Географически фамилия встречается нечасто. Основные очаги — Поволжье и некоторые области центральной России. Это говорит о том, что фамилия не была массовой и, вероятно, возникла в нескольких отдельных родах независимо друг от друга. В сословном плане Накишевы, скорее всего, относились к крестьянам или мещанам — дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не зафиксировано.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель на -ев от усечённых форм имён подробно разбирается, и Накишев вписывается в этот ряд наряду с более частыми Савишев, Кузьмишев. Фамилия сохранила в себе живую народную речь, где длинное церковное имя сокращали до удобного бытового варианта.