Фамилия Накипов — редкий случай, когда основа почти наверняка связана с тюркским словом, а не с русским глаголом. Самый простой и ложный путь — вывести её от «накипь» (осадок в чайнике) или «накипеть». Но в русских фамилиях такой корень не встречается: слово «накипь» бытовое, а не прозвищное, и суффикс -ов к нему присоединили бы только в исключительном случае. На деле фамилия тюркского происхождения.

В основе лежит тюркское имя или прозвище Накип (варианты — Накып, Накиб). В арабском, пришедшем через ислам в тюркские языки, накиб означает «староста», «предводитель», «глава рода» или «тот, кто ведёт переговоры». У татар, башкир и других тюркских народов Поволжья это слово закрепилось как личное имя, а впоследствии — как основа для фамилии. Добавление русского патронимического суффикса -ов (Накипов — «сын Накипа») — типичный для региона процесс русификации фамилий в XIX–XX веках.

Географически фамилия тяготеет к Татарстану, Башкортостану и смежным областям — Оренбургской, Челябинской, Самарской. Встречается она нечасто, что указывает на локальное бытование: вероятно, родоначальник был заметной фигурой в своём селе или ауле — старшиной, выборным лицом. Альтернативная, менее правдоподобная версия — от тюркского накып (буквально «чеканщик», «мастер по металлу»), но в ономастике приоритет отдают социальной роли, а не профессии, если имя зафиксировано в документах как личное.

Интересная деталь: ударение в фамилии обычно падает на первый слог — Нáкипов, что характерно для татарских фамилий на -ов, адаптированных к русской интонации. Если бы основа была русской (от «накипь»), ударение сместилось бы на второй слог — Наки́пов. Эта фонетическая особенность — дополнительный аргумент в пользу тюркского корня.